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単純な処理なので、二重ループでシンプルに記述できると思います。
私なら、高速化も兼ねて、シート１のデータを配列に格納して、
配列にレイアウト変更して出力し、
それをシート2に書き出す、という方法をとりますね。
Public Sub Test()
Dim S1() As Variant, S2() As Variant
Dim i As Long, j As Long, r As Long
S1 = Sheet1.Range("A6").CurrentRegion.Value '表データを配列に格納
ReDim S2(1 To (UBound(S1) - 1) * (UBound(S1, 2) - 3), 1 To 3) '出力用配列のサイズを確保
For i = 2 To UBound(S1)
For j = 2 To UBound(S1, 2)
If S1(i, j) <> "" Then
r = r + 1
S2(r, 1) = S1(i, 1)
S2(r, 2) = S1(1, j)
S2(r, 3) = S1(i, j)
End If
Next
Next
Sheet2.Range("A1").Resize(r, 3).Value = S2
End Sub
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