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下記の点を変更してみてください。
>Sub 勤怠2()
> Const cnsTITLE = "テキストファイル読み込み処理"
> Const cnsFILTER = "全てのファイル (*.*),*.*"
> Dim xlAPP As Application ' Applicationオブジェクト
> Dim intFF As Integer ' FreeFile値
> Dim strFILENAME As String ' OPENするファイル名(フルパス)
> Dim X(1 To 4) As Variant ' 読み込んだレコード内容
> Dim GYO As Long ' 収容するセルの行
> Dim lngREC As Long ' レコード件数カウンタ
>
> Set xlAPP = Application
> xlAPP.StatusBar = "読み込むファイル名を指定して下さい。"
> strFILENAME = xlAPP.GetOpenFilename(FileFilter:=cnsFILTER, _
> Title:=cnsTITLE)
> If StrConv(strFILENAME, vbUpperCase) = "FALSE" Then Exit Sub
>
> intFF = FreeFile
> Open strFILENAME For Input As #intFF
> GYO = 1
> Do Until EOF(intFF)
> lngREC = lngREC + 1
> xlAPP.StatusBar = "読み込み中です....(" & lngREC & "レコード目)"
> Input #intFF, X(1), X(2), X(3), X(4)
> GYO = GYO + 1
>
> Cells(GYO, 1) = X(1) '第1項目をB1セルへ
> Cells(GYO, X(3) + 2) = Format(X(2), "00:00") '第2項目をB3 or B4セルへ
> Cells(GYO, 2) = X(4) '第4項目をB2セルへ
>
> Loop
> ' 指定ファイルをCLOSE
> Close #intFF
> xlAPP.StatusBar = False
> ' 終了の表示
> Range("A1:D1").Value = Array("日付", "個人ID", "出勤時間", "退勤時間")
> MsgBox "ファイル読み込みが完了しました。" & vbCr & _
> "レコード件数=" & lngREC & "件", vbInformation, cnsTITLE
> Range("A1").CurrentRegion.Sort Key1:=Range("B1"), Header:=xlGuess
' Range("D2").Delete Shift:=xlUp ←この行は不要
> For lngCnt = Cells(Cells.Rows.Count, 1).End(xlUp).Row To 2 Step -1
Cells(lngCnt, 4).Activate 'D列を参照する
'D列が空白で、日付・個人IDが下の行と同じなら
If ActiveCell.Value = "" And _
ActiveCell.Offset(0, -3).Value = ActiveCell.Offset(1, -3).Value And _
ActiveCell.Offset(0, -2).Value = ActiveCell.Offset(1, -2).Value Then
ActiveCell.Value = ActiveCell.Offset(1, 0).Text '下の退勤時間を書き込む
ActiveCell.Offset(1, 0).EntireRow.Delete Shift:=xlUp '1行下を削除
End If
> Next
> Range("A1").CurrentRegion.Sort Key1:=Range("A1"), Header:=xlGuess
>
>
>End Sub
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